Todas as cadeias produtivas agropecuárias contam, de ponta a ponta, com a atuação do Auditor Fiscal Federal Agropecuário (AFFA), desde a produção das matérias-primas até o produto final. Cabe a ele auditar, fiscalizar, inspecionar e certificar produtos de origem animal e vegetal, seus subprodutos, insumos e resíduos. As atividades são realizadas desde o campo até a indústria e o comércio. Além disso, todo produto agropecuário que circula dentro ou fora do país, via exportação, passa por monitoramento e controle de qualidade desse profissional.
Cabe também ao AFFA não apenas a auditoria, análise, fiscalização, credenciamento e registro dos insumos agrícolas e pecuários, como das empresas responsáveis pela sua produção. Esse cuidado garante a segurança dos rebanhos e das lavouras brasileiras e evita que eventuais problemas sanitários e fitossanitários se alastrem no país.