Elaborar políticas e diretrizes de ações, coordenar, gerenciar equipes e executar parte dessas atividades estão entre as missões do AFFA. Esse papel estratégico lhe permite estar distribuído em diversas áreas da estrutura funcional do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (Mapa).
Como adido agrícola, compete a ele representar o Brasil nas relações comerciais com diversos países parceiros na comercialização de produtos agropecuários e, em alguns casos, nas questões ambientais.
Nos portos, aeroportos e postos de fronteira a presença do AFFA é certa. Cabe a ele fazer o controle de possíveis contaminações de animais, vegetais, suas partes e subprodutos vindos de outros países.
Nos campos, a dedicação é voltada à prevenção, ao controle e erradicação de pragas e doenças, inspeção da produção de sementes, fiscalização de organismos geneticamente modificados, de produtos orgânicos, entre outros.
Nas empresas agropecuárias e agroindústrias são feitos registros e credenciamentos de empresas, fiscalização da qualidade dos serviços prestados e dos insumos e alimentos produzidos, pesquisa com agrotóxicos, etc.
Na área urbana, é de responsabilidade do AFFA fazer o registro de comerciantes de produtos pecuários e vegetais, assim como fertilizantes, corretivos, sementes e mudas.
